Né vers 1938 à Médinatou Salam, près de Mbour, Cheikh Béthio Thioune fait ses classes le 3 novembre 1947 à l’école française régionale de Mbour jusqu’au CE2 en 1952, puis passe et obtient à Thiès son certificat d’études primaires qui précède ainsi son passage en sixième en 1955 au lycée moderne de Thiès devenu Malick-Sy.
Il décroche son BEPC (qui est actuellement considéré comme le BFEM) en 1959 et suit sa seconde au lycée Faidherbe de Saint-Louis. L’année suivante, il intègre Van Vollenhoven (devenu lycée Lamine Guèye ) et brièvement le lycée Delafosse de Dakar.
Il débute d’abord comme instituteur, avec comme première affectation à Agnack, à quelques encablures de Ziguinchor, où il devient chargé d’école pendant deux ans. Il retourne à Thiès à l’école des champs de course avant de quitter l’enseignement pour des raisons politiques. Il est ensuite délégué médical, puis revient dans la fonction publique comme directeur de l’animation rurale à Méouane dans le département de Tivaouane et inspecteur de l’expansion dans le Sine-Saloum durant cinq ans.
Après une formation professionnelle à l’École nationale d’Économie appliquée (ENEA) en 1973, Cheikh Béthio Thioune devient inspecteur d’animation dans le département de Tivaouane, puis inspecteur régional du ministère de la Jeunesse et des Sports à Dakar.
Élève de l’École nationale d’administration et de magistrature, il sort diplômé de la promotion Gabriel D’arboussier, en 1976, aux côtés d’Ousmane Tanor Dieng, et intègre le ministère de l’Intérieur comme administrateur civil. Il est alors nommé administrateur municipal de Diourbel, où il organise en 1977 la première fête de l’indépendance du Sénégal organisée hors de la capitale, présidée par le président Senghor, puis il est affecté successivement comme administrateur à Kaolack, secrétaire général de la commune de Pikine, et secrétaire général de la communauté urbaine de Dakar.
Cheikh Béthio est surtout connu avec Serigne Saliou Mbacké dernier fils de Cheikh Ahmadou Bamba Mbacké fondateur de la Mouridiyyah, qui fut le 5e khalife du mouridisme.
